Coronavirus : une variante espagnole du virus à l’origine de la deuxième vague meurtrière en Europe

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Une mutation génétique du Sars-CoV-2 se propage rapidement en Europe depuis cet été. Provenant d’un événement super-propagateur en Espagne, elle s’est diffusée via les touristes et c’est désormais la souche dominante dans la plupart des pays qui enregistrent une forte deuxième vague.

Aurait-on pu prévenir la deuxième vague de coronavirus déferlant sur l’Europe cet automne ? C’est l’hypothèse soulevée par des chercheurs de l’université de Bâle dont les travaux ont été prépubliés sur le serveur MedXriv. Ces derniers ont découvert une variante du Sars-CoV-2 nommée 20A.EU1, apparue en Espagne fin juin.

Elle se serait ensuite rapidement étendue à toute l’Europe, donnant lieu à six autres variantes dérivées possédant de légères mutations. Pratiquement inexistante début juillet, cette souche concerne désormais 80 % des cas en Espagne et au Royaume-Uni, 60 % des cas en Irlande, et 40 % en Suisse et en France. Au total, la souche 20A.EU1 s’est propagée dans douze pays européens dont la Belgique, la Norvège et l’Allemagne, et a même été transmise sur d’autres continents comme en Nouvelle-Zélande et à Hong Kong. Elle semble bien partie pour surpasser toutes les autres variantes de Sars-CoV-2.

Un unique événement super-propagateur qui a contaminé toute l’Europe

Initialement apparue en juin au nord-est de l’Espagne parmi des ouvriers agricoles, cette nouvelle souche s’est d’abord dispersée au sein de la population locale, puis un événement « super-propagateur » l’a rapidement propagée dans tout le pays et au-delà des frontières. Les vacanciers en Espagne ont ensuite facilité la diffusion du virus avec des attitudes à risques, comme le fait d’ignorer les règles de distanciation sociale, et en maintenant « ce type de comportement une fois de retour à la maison », expliquent les chercheurs. « Favorisée par un événement initial super-propagateur, une variante peut rapidement devenir prévalente », confirme Iñaki Comas, responsable du consortium SeqCovid-Espagne et coauteur de l’étude.Je n’ai jamais observé une variante du virus avec une dynamique si puissante

La question centrale reste de savoir si cette nouvelle souche est plus contagieuse ou plus mortelle. « Nous n’avons pas de preuves que cette mutation augmente la transmission ou influence les résultats cliniques », avance prudemment Emma Hodcroft, spécialiste de l’évolution génétique des virus à l’université de Bâle et auteure principale de cette étude. Mais elle souligne que 20A.EU1 ne ressemble à rien de ce qu’elle a rencontré jusqu’ici. « Je n’ai jamais observé de variante avec une si puissante dynamique depuis que j’ai commencé à étudier les séquences génomiques du coronavirus en Europe », souligne la chercheuse.

À peine quatre introductions initiales en France

Quoi qu’il en soit, les auteurs de l’étude soulignent l’importance de renforcer les contrôles aux frontières et les restrictions de voyage dans la lutte contre la pandémie. En France, par exemple, il a suffi de quatre introductions initiales de 20A.EU1 dont trois directement originaires d’Espagne pour aboutir au résultat catastrophique que l’on connaît aujourd’hui. Comme on l’a vu au mois de février, lors du rassemblement évangélique à Mulhouse qui a réuni plus de 2.000 pèlerins, la maîtrise du cluster original revêt donc une importance considérable pour la suite des événements.

Fréquence de la variante 20A.EU1 du Sars-CoV-2 dans les différents pays européens. La taille des ronds indique le nombre de séquences identifiées. © Emma Hodcroft et al, MedXriv, 2020 

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Le saviez-vous ?

Les mutations sont fréquentes chez tous les virus, mais la plupart d’entre elles disparaissent rapidement ou restent peu courantes. Seules quelques variantes, comme c’est le cas avec 20A.EU1, réussissent à émerger. Il est difficile de déterminer les mutations ayant une influence sur la dangerosité du virus. Lorsque la mutation porte sur la protéine de pointe, qui sert au virus à pénétrer dans l’organisme, il est possible qu’elle affecte son comportement.

Une autre mutation du Sars-CoV-2, nommée D614G, s’est diffusée elle aussi en Europe durant l’été et aux États-Unis (lire les articles ci-dessous). Les chercheurs pensent que cette modification rend le virus plus infectieux mais moins dangereux, ce qui expliquerait en partie la baisse de mortalité observée au début de la deuxième vague.

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